Los bosques de la Sierra Madre de Chiapas retienen el frágil suelo de las empinadas laderas; allí llueven más de tres mil milímetros al año y en ocasiones, como sucedió con las torrenciales lluvias de 1998 y con el huracán Stan en 2005, las aguas broncas arrasaron carreteras y pueblos. En ambos casos, si las cuencas no se hubieran deforestado estos problemas habrían tenido diferentes dimensiones.
Los cafetales bajo sombra que se desarrollan en las laderas evitan la pérdida de suelos, y los árboles de sombra que los acompañan aportan una cantidad de materia orgánica comparable con la de los bosques originales.
En el año 2000 la Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad (Conabio) coordinó un estudio interinstitucional y multidisciplinario para definir las áreas prioritarias para la conservación en México. En la lista aparecían las áreas naturales protegidas, los parques naturales y las reservas de la biosfera, pero se incluyeron también las grandes regiones cafetaleras.
